管理系是培养药品、经营管理与营销第一线技术应用型人才的专门系部。本系培养的学生，既有较扎实的医药理论基础，又有较为丰富的经营管理知识与商务技能技巧。毕业生的业务能力要求达到医药商品营销员（高级工）、医药商品采购员（高级工）、药品保管养护工（高级工）、医药商品组配员（高级工）和医药商品试剂分销员（高级工）的水平。学生毕业后主要在药品经营公司、医药物流公司、药店、制药公司、医药连锁经营企业物流中心、医院及其它与药品、药品经营与管理有关的单位就业。 随着学院食品、化妆品专业的建立和完善，管理系的专业将拓展到食品经营与管理、化妆品经营与管理等方向。
已设专业：医药营销专业、药品经营与管理专业、物流管理专业。